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全转录组
全转∏录组高通量测序，采用去核糖体链特异性建库方法和小片段富集筛选建库方法，可实现编码RNA和非编码RNA的建库、测序、信息分析及联合分析、ceRNA等，从而快速全面准确地获得☆与特定生物学过程（例如发育、疾病等）所有大RNA转录本数据信息，这一项研究将调控机制研究延伸到“ 网、多层面”结合的立体模式，有助于相对全面解读生物学现象。
推荐方案
推荐两种测序策↘略方案：
1） 经济型模式-两种文库测■序：LncRNA-Seq + Small RNA
大RNA研究：采用LncRNA-Seq测序模式，即采用去核▃糖体链特异性建库模式，进行PE100测序模式，10G Clean data；实现lncRNA、mRNA、circRNA鉴定和定量】、以及功能分析；
小RNA研究：采用富◥集小RNA片段建库◤方法，进行有▲方向性的SE50测序模式，20M clean reads，实现miRNA、siRNA以及piRNA鉴定和定量，以及功能分析等；
2） 大容量模式-三种文库测序：LncRNA-Seq+ Small RNA+ CircRNA
大RNA研究：采用LncRNA-Seq测序模式，即采用去核糖体链特异性〖建库模式，进行PE100测序模式，10G Clean data；实现lncRNA、mRNA、鉴定和定量、以及功能分析；
环状RNA研究：采ぷ用去除线性RNA，反向富集环状RNA建库方法，进行PE100测序模式，10G clean data，对环状RNA高深度测序，实现对低丰度的环状RNA鉴定和定量及功能分析；
小RNA研究：采用富集小RNA片段建库方法，进行有方向性的SE50测序模式，20M clean reads，实现miRNA、siRNA以及piRNA鉴定和定量，以及功能分析等；
以上两种ξ 模式，还可以实现大RNA和小RNA互作网络分析，以及内源竞争性RNA鉴定和网络分析。
生物分析思路图
产品优势
实验严谨
建库工艺稳定，技术重复◇性高，可接受多种类型样本，total RNA最低起始量低至400ng；
分析全面
包含RNA互作模式，及ceRNA竞争网络分析等，从平面调控研究延伸至立体调控研究；
数据交互
采用Dr.Tom多组学ω数据挖掘系统，10大数据库注释，多维度结果图⌒片展示，数据图〗表循环挖掘；
质控严格
实验操作及信息分析操作采用全方位及先进⌒ 的质量管理体系标准。
产品应用
动植物生长发育的研究
抗逆、抗病虫害调控机理的研究
细胞分化和发育的研□ 究
肿瘤发生发展及转移研究
案例一：biomarker及内源性竞■争RNA调控研究——鉴定宫颈癌lncRNA和环状RNA等biomarker及ceRNA分析[1]
研究目的：研究宫颈癌lncRNA和环状RNA致病分子调控机▅制
研究样本：选取3个病人（HPV16）的宫颈鳞癌组织和癌旁组织。三个生☆物学重复样本混样（患病 vs 正常）
样本处理： 选取癌组织旁边2cm的癌旁组织，切除后即加入RNA later保护剂中30分钟，随后放入液氮中冷藏。
研究技术：?经济型模式-两种文库¤测序：
? ? ? ? ? ? ? ? ?*去核糖体建库测序方式-研究mRNA、lncRNA、环状RNA；
? ? ? ? ? ? ? ? ? *小片段建库测序方法-研究miRNA；
研究结果：共鉴定到差异表达的19个lncRNA，99个环状RNA，以及304个mRNA?
非编码RNA中鉴定到3个新lncRNA和44个新环状RNA，并对这些差异RNA进行功能富集分析。另外，共表达分析和功能预测中，发现19个差→异表达lncRNA在致癌和癌症发展中具有重要作用，ceRNA网络分析表达和非表达RNA的相互作用，研究每一个miRNA靶向█作用的lncRNA和Mrna竞争关系。发现一些miRNA可以靶向未知的lncRNA，说明这些非编码RNA可能与宫颈癌有关。
研究结论：此次研究结果表明，非编码RNA将有↙可能作为宫颈鳞癌治疗和诊断的biomarker。CeRNA网络研究在未来宫颈鳞癌研▼究中将对编码RNA和非编码RNA的关系及重要作用研究的将是重要的分【析工具。? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?图1 CeRNA网络分析，包含lncRNA、miRNA和mRNA.
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ??（A）包含所有lncRNA/miRNA和miRNA/mRNA互作关系
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?(B) lncRNA-LNC_000188的ceRNA竞争网络. (C)LNC_000231的ceRNA竞争网络.?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?每个节点的大小与每个节点的计算功能连接性成比例
案例二：biomarker及内源性竞争RNA调控研究——鉴定宫颈癌lncRNA和环状RNA等biomarker及ceRNA分析[2]
研究目的：研¤究非编码RNA参与调控次级毛囊(SHFs)细胞凋亡发生的分子机制。
研究样本：生物学重复样本-三只羊，绒山羊毛发生长初期阶段和中期阶段（catagen vs. anagen）的皮肤，各三个】重复。
研究技术：?经济型模式-两种文库测序：
? ? ? ? ? ? ? ? ? *去核糖体建库测序方式-研究mRNA、lncRNA、环状RNA；
? ? ? ? ? ? ? ? ? *小片段建库测序方法-研究miRNA；
研究结果：共鉴定到1122个已知和403个新lncRNA，其中173个lncRNA差异表达；另外鉴定到3500差异表达的Mrna表达转录本；411个已知miRNA和307个新miRNA，包含72个差异ω表达miRNA；进而对lncRNA的顺势和反试调控靶基因进行鉴定，发现，lncRNA和miRNA在毛囊发育过程之中具有重要的系统调控作用，比如生长中期诱导物因素(TGFβ1和BDNF)是由miRNA-873和lnc108635596 lncRNA-miRNA-Mrna调√控网络共同调控。
研究结论：阐明了在皮肤细胞凋亡和抗凋亡的分子相□ 互作用，为毛囊退化提供深入的研究提供指导。? ??
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?图2 LncRNA–miRNA–mRNA调控网络图
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 环形表示miRNA、方形表示编码基因、三角形表示lncRNA. 红色代表上调，绿色下调（初期/中期）
参考文献：
[1]? Wang H, Zhao Y, Chen M and Cui J (2017) Identification of Novel Long Non-coding and Circular RNAs in Human Papillomavirus-Mediated Cervical Cancer.Front. Microbiol. 8:1720.
[2] Zhou G, Kang D, et al. Integrative analysis reveals ncRNA-mediated molecular regulatory network driving secondary hair follicle regression in cashmere goats. BMC Genomics. 2018 Mar 27;19(1):222.
图1?差异表达基因和差异表达★miRNA靶基因韦恩图
Target 表示差异miRNA的靶基因，mRNA表示差异mRNA对应的基因
图2 交集基因的表达量热图
图3?差异表达miRNA和差异靶基因的调控网络分析图
图4?差异表达lncRNA与靶基因的蛋白互作和共表达互↑作网络图
图5?差异ceRNA—mRNA互作网络图
|
总量 |
浓度 |
RIN |
28S/18S |
基线和5S |
纯度 |
|
|
Total
RNA (Human / Rat)-广谱性 |
≥400ng |
≥20ng/μL |
RIN≥7.0 |
28S/18S≥1.0 无DNA，蛋白/盐离子等污染】，样本无色透明不粘稠 ? |
||
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Total
RNA (Human / Rat)-大容量型 |
≥5.4ug |
≥20ng/μL |
RIN≥7.0 |
|||
|
Total
RNA（Plant/Animal）-广谱型 |
2ug |
≥40ng/μL |
RIN≥6.5 |
|||
|
Total
RNA（Plant/Animal）-大容量型 |
7ug |
≥40ng/μL |
RIN≥7.0 |
|||
Q1：全转录组产品两种技术模式如何选择？
全转录组有两种模式，一种为经济型，即采用两种建库『测序模式；一种为大容≡量型，即采用三种建库测序模式；主要区别在于环状RNA研究方式不同，一个∑ 是对环状RNA广谱研究，即对环状RNA表达情△况初步研究； 二是对环状RNA单独富集建█库测序，即可实现对环状RNA高深度研究，以及低表达环状RNA的鉴定和定量分析等。所以如▼果选择两种模式，是需要根据研究目的和需求决定的，以及对RNA研究深度需求决定的。
Q2：全转录组送样量要求？
需要根据选择的研究模式决定，是满足两种建库测序模ㄨ式（LncRNA+Small RNA）总量需求：Total RNA最低起始量400ng ，还是满足三种建库测序模式（LncRNA+Small RNA+CircRNA）总量需求：Total RNA最低起始量5.4ug。
Q3：长链非编码RNA建库测序结果可以用于分析环状RNA吗？
可以，长链非编码RNA建库模式采用去核糖体方式建库，对所获得◣的RNA进行打断测序，相当于获得全部RNA，即可以进行分析环状RNA表达情况，可应用于分析各物种环状RNA表达谱。
Q4：LncRNA测序数ぷ据中mRNA的定量效果如何？
人标品：已知mRNA定量与qPCR定量斯皮尔曼系数达到0.88。
